آیت الله سید مصطفی محقق داماد که از علمای آزاد اندیش در حوزه علوم انسانی و استاد برجسته علم حقوق می باشد همواره رویکردی آزاد و انتقادی نسبت به مسائل مختلف کشور داشته و در حوادث سه ماهه اخیر نیز بارها و بارها از عملکرد حاکمیت انتقاد نموده و به همین دلیل به عنوان یک منتقد بی طرف ، نظرات او مورد توجه جناح های مختلف کشور قرار داشته است.
این عضو فرهنگستان علوم در نشست علمی با موضوع «سرآمدی علمی و چالش‌های احراز آن در نظامات سنجش و ارزیابی علم» که در فرهنگستان علوم برگزار شد، با اشاره به وضعیت فعلی جامعه گفت: الان مشاهده می‌کنیم که گرانی دلار به عرش برین رسیده و دو سوم ثروت ما معلمان پوچ شده است. این به این علت است که مدیریت علمی وجود ندارد و مشکل کار این است.
وی در خصوص اهمیت توجه به این‌که فلسفه و الهیات سرآمد دانش‌ها است، اظهار کرد: ما در ایران بدبخت‌شده جهل دینی هستیم و واقعاً بلایی بالاتر از جهل مقدس نیست. اگر جهل سبقه دینی داشته باشد، بلایی به سر می‌آید که الان در ایران شاهد هستیم. حتی اگر کسی می‌خواهد بی‌دین نیز شود، باید الهیات بداند.